在食物中檢測致病微生物的重要性是要確保食物在製造過程中沒有機會讓致病微生物進入食物當中。這是一個安全食物製造的監測。致帶微生物可以從多方面的途徑進入食物當中，不論是原材料或已準備好的食物。在適當的食物製造過程點抽取樣本檢驗可以分析製作過程中有否出現不當的個別的衛生程序。而抽取即食食物樣本檢驗則可以監察食物經過一連串的製作過程後是否安全的供客人使用，這是反映整個食物製造過程的衛生情況。
致病微生物的種類有很多。對於選擇那種微生物作檢測則應由食物微生物專家作判斷。每一種食物均有不同的微生物風險存在，大致上可以跟據不同的食物加上不同的檢測目的來決定選擇需要檢測的微生物類別。以下的分析僅作為參考。
即食食物
在監察即食食物的衛生情況，可以應用指標細菌中的總細菌量和大腸桿菌量。這兩項指標均能反映食物在處理及儲存時的污染情況。在致病微生物方面，第一項要監測的污染是從人類的污染，即是食物處理人員把致病微生物帶入食物當中。一般用以監測的細菌包括金黃葡萄球菌和沙門氏菌。金黃葡萄球菌可存在於人體的皮膚、腋下、鼻孔等地方，而這些地方均為人們最常不經意接觸到的地方。而沙門氏菌則生長於腸道內，且有帶菌者的存在，所以這兩類細菌最能反映員工的個人衛生習慣。而第二項要監測的污染是源自食物本身。食物本身如存有致病微生物，而如果烹調時間或溫度不足，這些微生物便會有機會增生而引致食物中毒。不同食物有不同種類的微生物風險，以下是一些主要食物及其相關致病微生物： |
