有一點可能會被忽略，或是較為難實施的，就是抽取樣本的基制。但其實這是一項微生物測試的基本及必要條件。抽取的樣本必須有效地反映那項食物的整體微生物含量。微生物不會平均地生存在食物當中，一般是會以一群一群的方式分佈在食物上。那如何才可取得具代表性的標本，就必須運用到統計學來分析。
食環署就取樣方式提供了兩個參考方案，分別是兩類品值抽樣方案 (two-class attricutes sampling plans) 和三類品值抽樣方案 (three-class attributes sampling plans)，這兩方案均為食物生產業界常採用的取樣方式。而在餐飲業界中，兩類品值抽樣方案則較為合適。但因餐飲業中的食物安全控制並沒有涉及接受或不可接受一批食品，所以兩類品值抽樣方案的用處，是幫助判斷該批抽樣之食物不合格之比率，用作更有科學性之分析。 |
