在零售及餐飲業中，有兩個範疇是要應用到微生物分析。第一個是確保來貨的微生物含量達到標準；第二個是確保食物到達顧客時的微生物含量達到標準。前者的微生物含量會應用到微生物標準 (Microbiological standard)與及微生物規格 (Microbiological specification)。一般而言，業界並不需要測試來貨的微生物含量，原因是在來貨控制的制度中，應已經包含了選擇有信譽及可靠的供應商一環。而這些供應商的貨品亦應該已達到應有的衛生標準。
業界需要應用到的，是第二個範疇，即確保食物到達顧客時的微生物含量達到標準。貨品到達處所後，會經過很多不同的步驟，包括儲存、處理、烹調等等，而任何一個步驟均有機會把微生物帶到食物中。而結果到最後食物在到達顧客時當中存在有多少微生物，存在多少致病細菌，這才是業界必須要控制及檢測的。而這些界定為即食食物所用的微生物含量標準則是微生物含量指引 (Microbiological guideline)。
如果業界想對整個食物製造過程中有更有效的微生物控制及檢測，則可以在過程當中設立多個微生物檢測點。目的可以有以下幾點：
- 監測清潔及消毒的有較性
- 判斷清潔及消毒的頻率
- 監測有否致病菌存在
- 評估處所衛生設計之效用及更新頻率
- 測定環境中所含之腐壞細菌量
設立多個微生物檢測點的好處是可以更有效地分析食物製造過程中有那處出現不尋常的微生物增長，針對要點而作出有效及重點修正。一般可以採用的微生物監測點有以下幾項： - 接觸即食食物的用具、容器及桌面。這可包括碗碟、雪產、占板
- 雪櫃的層板
由於每個處所的設計不同，取樣的時間及目的也不一樣，對於此類環境性的微生物測試，政府部門並沒有設立微生物標準。每個處所必須為此類微生物測試建立一套微生物標準。要建立微生物標準，首先要清楚微生物測試的目的。一般而言，目的有兩個：一是監測有否致病菌存在，二是監測清潔及消毒的有較性。就第一個目的而言，要考慮到的是致病菌在未經烹調的食物是有機會存在，而這些食物在烹調後致病菌是會被消滅的，所以就算在與生原料有接觸的物件上發現致病菌亦不代表會對食物安全構成威脅。所以檢測點應放在會與已烹調或即食食物有接觸的表面上。因為接觸面與即食食物接觸，所以原則上是不應該有致病菌的存在。
就第二個目的而言，監測清潔及消毒的有較性必須是一個長期的步驟。以監察桌面清潔為例，可以在每次清潔後取樣做微生物測試，一般會選擇指標性細菌測試，包括總菌數及大腸桿菌數。收集了大概十次結果，剔除數字最高的一次和數字最細的一次，把餘下的取平均數，這個數值便可以用作一個參考數。在往後的測試中如有數值超越十倍這個參考數的便可懷疑該次的清潔出現不尋常狀況，作出查證及修正。US Public Health Service 對於食物用具總菌數有一個參考值可供參考，是每件已清潔的工具不含超過100顆細菌。 微生物監測還可應用於監察員工的個人衛生，在適當的個人私隱保障下可定期為員工安排雙手的拭子測試，以檢測員工有否帶有不尋常的細菌以反映員工之個人衛生操守。一般而言，員工雙手不應含有致病細菌。 |
